ある日、宇宙から謎の２つの光が接近し、そのひとつがしんのすけに命中。すると、しんのすけは超能力を使えるように！一方、もうひとつの光が当たったのは、社会に対して鬱屈した感情を抱える男・非理谷充（ ひりやみつる）。彼は力を悪用し、世界への復讐を誓う。破滅を企む非理谷に、しんのすけが立ち向かい、胸アツで尻アツな超能力大決戦が幕を開ける！

シリーズ史上初となる全編3DCG劇場版でCGを手掛けたのは、『STAND BY MEドラえもん』や『ゴジラ- 1. 0』などを手掛けてきたCG制作プロダクションの白組。アニメからゲーム、実写まで幅広く手掛ける職人集団だけあって、３DCGになったしんのすけの、ほっぺのもちもち感とコミカルな動きには思わず目がくぎ付けに！監督は『モテキ』、『バクマン。』など、コミックの映像化に定評のある大根仁が務めている。制作期間７年を費やしただけあり、２Dアニメで築かれた世界観や雰囲気などを大事にしながらも、３DCGならではの派手なアクションや超能力バトルが、新たな「クレしん」の世界を観せてくれる。